Анимационная Студия «Пилот» была основана режиссёром Александром Татарским, художником Игорем Ковалёвым и искусствоведом Анатолием Прохоровым в 1988 и стала первой независимой киностудией в Советском Союзе.
Вскоре часть персонала, включая Ковалёва, переехала для работы в США по приглашению студии Klasky
Csupo. По словам Татарского, ему первому из советских мультипликаторов поступило предложение о переезде, но он отказался. Отъезд «пилотовцев» он называл настоящей катастрофой для отечественной индустрии.
С мультстудией в разные годы работали многие известные режиссёры: Ринат Газизов, Константин Бронзит, Михаил Алдашин, Валерий Качаев, Андрей Соколов, Наталья Березовая и многие другие.
Отдельную известность получила дочерняя компания студии «Пилот-ТВ», занимающаяся мультипликационными проектами для телевидения с использованием трёхмерных персонажей.